Balıklarda populasyon yapısı, yaşadıkları ortamın ekolojik özellikleri ve türün genetik yapısına bağlı olarak değişim göstermektedir. Populasyon yapısı denildiği zaman bir balık populasyonuna ait boy dağılımı, ağırlık dağılımı, cinsiyet ve yaş kompozisyonları ile boy ağırlık ilişkisine ait veriler kastedilmektedir. 

Cinsiyet kompozisyonu: Dengedeki balık populasyonlarında cinsiyet kompozisyonu genellikle 1:1 dir. Yani populasyondaki erkek ve dişi balıkların oranı birbirine eşittir. Populasyon büyüklüğü, yaşadığı habitatın taşıma kapasitesinden düşükse cinsiyet kompozisyonunda dişilerin oranı fazladır; yüksekse bu durumda populasyon içindeki erkeklerin oranı dişilerden fazla olur. "Sibernetik Populasyon Modeli" olarak adlandırılan bu durum, aslında canlı populasyonlarının insan eli karışmadığı sürece dinamik bir dengeye sahip olduğunu göstermektedir. 

İnci kefalı populasyonunda Erkek:Dişi oranı üreme dönemi dışında 1:1.85 civarındadır. Diğer bir ifade ile populasyondaki balıkların %36'sı erkek, %64'ü dişidir. Üreme döneminde ise cinsiyet kompozisyonu erkekler lehine değişmektedir. Üreme döneminde, üreme habitatı olan akarsulardan örneklenen balıklar üzerinde yapılan çalışmalarda populasyonun %64'ü erkek, %36'sı dişi olarak belirlenmiştir. Yani üreme zamanı dışındaki oranların tam tersine döndüğü görülmektedir. İnci kefalında hermafroditlik olmadığına göre bu farklılık neden kaynaklanmıştır? İlk akla gelen örnekleme hatasıdır. Ancak üst üste bir kaç yıl yapılan çalışmalarda sonuç hep benzer çıkmıştır. Bu durumda bir örnekleme hatasından söz edilemeyeceği açıktır. Aslında inci kefalı populasyonunun üreme alanlarında yapılan çalışmada karşılaşılan bu sonuç, göçücü türlerin birçoğu için geçerli bir durumdur. Erkekler üreme alanına dişilere göre daha erken gelmekte ve daha geç ayrılmaktadır. Bu durumda üreme alanında yapılan çalışmalar esnasında çoğu zaman erkekler daha yoğun olarak bulunmaktadır (Sarı, 1997). Göçücü balık türlerinde, üreme göçü esnasında cinsiyet oranının erkekler lehine değiştiği, hatta bu oranının bazen 36:1 olarak bile görüldüğü yönündeki  araştırma sonuçları da, inci kefalı populasyonundaki durumu desteklemektedir (Nikolskii 1980; Hofragle and Timmons 1989). 

Yaş kompozisyonu: Balık populasyonlarında yaş kompozisyonu, populasyonun yenilenmesi, büyüme ve ölüm oranlarına bağlı olarak değişmektedir. Maksimum ömür ise daha çok genetik yapıya bağlı olarak değişim gösterir. 

İnci kefalı populasyonu üzerinde yapılan çalışmalarda yaş kompozisyonlarının belirlenmesinde izlenen yönteme ve yaş tayininin hangi vücut dokusunda yapılmış olduğuna bağlı olarak 1997 yılına kadar farklı maksimum ömür bildirişleri vardı. Ancak 1997 yılında tamamlanan ve Sarı (1997) tarafından yapılan çalışmayla, yaş tayininde otolit kullanımının ideal olduğu belirlenmiş, balığın göçücü bir tür olmasından dolayı pul ve operkulumlardan yapılan yaş tayinlerinde balığın yaşının çoğu zaman doğru olarak belirlenemeyeceği vurgulanmıştır. Bu çalışmadan sonra inci kefalı için maksimum ömür 7 yaş olarak tespit edilmiştir. Sanal populasyon analizi yöntemi ile avlanan inci kefallarının yaş dağılımlarından hareketle populasyonun gerçek yaş dağılımı sanal olarak yapılandırılmış ve aşağıdaki grafik elde edilmiştir (Sarı, 2001). 

Boy ve ağırlık dağılımları: Boy ve ağırlık kompozisyonları türün genetik yapısına, yaşadığı habitatın ekolojik özelliklerine ve populasyon yoğunluğuna bağlı olarak değişmektedir. Besince bol ortamlarda populasyon büyüklüğü, ortamın taşıma kapasitesinin altındaysa balıklar daha iyi büyüyeceği için boy ve ağırlık kompozisyonları, besini daha az olan habitatlara göre daha yüksek olacaktır. Yıllara göre habitatta meydana gelecek değişimler, balıkların boy ve ağırlık dağılımlarını da etkileyecektir. Bu yüzden boy ve ağırlık dağılımlarının yıllara göre sürekli izlenmesi gerekmektedir. Bir fikir vermesi açısından burada Sarı (1997) tarafından verilmiş boy ve ağırlık dağılım değerlerine atıf yapılmıştır. Bu değerler  Büyüme bölümünde ayrıntılı tablolar halinde verildiği için burada ayrıca gösterilmeyecektir. 

Boy ağırlık ilişkisi: Balıkların boyları ile ağırlıkları arasında W=a*L^b   eşitliği ile gösterilen (W-balığın ağırlığı, L-balığın boyu, a ve b- regresyon sabitleri) doğrusal olmayan bir ilişki vardır. Bu ilişkinin anlamı, balığın boyunda meydana gelecek artışa karşılık ağırlığında ortamın besin kapasitesi ve balığın vücut şeklinin üssel fonksiyonuna göre bir artış meydana gelecektir. Eşitlikteki b sabiti, balığın vücut şekli, a sabiti ise ortamın besin kapasitesi hakkında bilgi vermektedir. 

İnci kefalı populasyonunda boy ağırlık ilişkisi W= 0.0912 L^2.245 olarak hesaplanmıştır (Sarı, 1997). Bu ilişkiye ait parametreler, yıllara, örnekleme büyüklüğüne ve yapılan ölçüm ve tartımların hassiyetine göre değişebilmektedir. 

Populasyon büyüklüğü , ölüm ve yaşama oranları: İnci kefalının populasyon büyüklüğü, ölüm ve yaşama oranları son yıllarda en çok kullanılan sanal populasyon analizi (Virtual Population Analysis) yöntemi ile belirlenmiştir. Daha çok profesyonel balıkçılıkla avlanan balıkların boy, yaş ve büyüme özelliklerinin belirlenmesinden sonra elde edilen verilerin kullanıldığı bu yöntem, ülkemizde içsu balıklarının stok büyüklüğünün belirlenmesinde ilk defa kullanılmıştır. 

 

Yaşlar	Avcılık (N)	Ortalama Stok Miktarı		F	M	Z	S
		(Adet)	(Ton)
I	0	465393216	7581,256	0	0.2	0.2	0,819
II	70686168	381031744	14239,156	0.228	0.2	0.428	0.652
III	137780752	248351168	12131,955	0.924	0.2	1.124	0.325
IV	36410304	80736520	4685,141	0.677	0.2	0.877	0.416
V	12132344	33575916	2199,223	0.503	0.2	0.703	0.495
VI	6524455	16620961	1228,455	0.561	0.2	0.761	0.467
VII	1280590	7768686	637,498	0.200	0.2	0.400	0.670
Toplam	264814624	1233478144	42702,684
1994-1995 ve 1995-1996 Avcılık sezonu ortalama ticari av verilerine öre Sanal Populasyon Analizi  (M-Doğal ölüm katsayısı, F-Balıkçılık ölüm katsayısı, Z-Total ölüm katsayısı (M+F), S-Yaşama oranı (S= exp(-Z)